Биоритмите са ендогенни — създават се вътре в организма. Възникването, поддържането и контролиране то на вътреорганизмовите биоритми се осъществяват от специализирана система, наречена биологичен часовник. Той има характер на безусловен рефлекс. Уста новено е, че този часовник поддържа постоянна честота и период на биоритмите независимо от промените в околната среда. Освен това биологичният часовник синхронизира биоритмите на организма с жизнено важни периодични явления в адаптационните реакции на тялото. Доказано е, че у някои животни ролята на биологичен часовник играят структури, намиращи се в предната част на хипоталамуса (част от междинния мозък). Предполага се, че и при човека биологичният часовник е локализиран на същото място.
